Биохимический признак (образование определенных веществ), является специфичным на уровне вида, рода, семейства, иногда класса. С другой стороны, известны внутривидовые хеморасы, т.е. растения одного вида, сходные морфологически, но резко отличные по качественному составу суммы действующих веществ (например, суммы алкалоидов). Особи одного вида могут также сильно отличаться по количеству образующихся в них веществ. Это свойство наследуется даже при переносе растений в другие климатические зоны. С онтогенезом связана также и динамика накопления ФАВ. На выход действующих веществ оказывает влияние возраст растения, времена и месяцы года, а для эфирно-масличных растений даже различные часы дня.

На содержание других веществ в лекарственных растениях весьма существенное влияние оказывает фаза развития растения. Например, у клещевины количество жирного масла в семенах по мере созревания увеличивается почти в два раза. А у кориандра за время созревания семян совершенно меняется состав эфирного масла. У мяты перечной в период цветения непрерывно увеличивается количество ментола. Еще более сильное влияние на химический состав растений оказывают факторы внешней среды. Огромное значение имеет тип и разновидность почвы, как источника питательных веществ. Многие лекарственные растения растут на определенных типах почв. Например, ландыш особенно хорошо растет на почвах, богатых лесным перегноем, многие виды полыни предпочитают солонцы; крапива и пастушья сумка являются нитратолюбивыми растениями и т.д. Химический состав ЛР зависит и от светового режима. Например, свет стимулирует образование действующих веществ у многих эфиромасличных культур; а алкалоидные растения иногда бывают тенелюбивыми. Оказывает влияние количество солнечных дней, сила освещения, часы дня и так далее.

Одним из важнейших факторов является тепло. От него зависит состав флоры, продолжительность вегетации, количество урожая и накопление д. в. Каждое растение требует свою сумму положительных температур для полного жизненного цикла, и это надо учитывать при культивировании лекарственных растений. Очень велика и роль воды. Количество осадков и влажность окружающей среды влияют на количество и состав д. в. Например, листья наперстянки пурпуровой, собранные после продолжительных дождей, являются малоценными.